De discussie omtrent de triniteitsleer voltrok zich als reactie op diverse ketterijen. De diverse geloofsbelijdenissen die in de eerste eeuwen na Christus werden opgesteld dienen met name het doel om dwalingen te beperken door middel van duidelijke en eenduidige formuleringen. Een aantal ketterse stromingen verdienen het hier met name genoemd te worden. Het adoptianisme stelde dat Jezus geboren werd als een sterfelijk mens, maar dat hij na zijn doop door Johannes de Doper in de Jordaan door God tot zoon was aangenomen. Deze opvatting vindt zijn weerslag in het Evangelie volgens Marcus, waarin duidelijk adoptianistische trekken zijn aan te wijzen. In 269 werd deze dwaalleer veroordeeld door de Synodes van Antiochië.
De theologische leer van de rond 220 in Rome onderwijzende Sabellius zorgde ook voor problemen. Sabellius was van mening dat zowel Christus als de Heilige Geest slechts verschijningsvormen of ‘maskers’ van de ene, ware God waren. Deze ketterij werd getypeerd als ‘modalisme’ of ‘modalistisch monarchianisme’ en veroordeeld omdat zij niet uitging van drie goddelijke personen, maar van slechts één goddelijke persoon met drie verschillende verschijningsvormen.
Onder leiding van Athanasius van Alexandrië werd gezocht naar een formulering van de relatie tussen God de Vader en Christus die niet dubbelzinnig uitgelegd kon worden. Hiervoor konden zij geen gebruik maken van passages uit de Schrift omdat de arianisten dezelfde passages anders interpreteerden. Zij vielen dus terug op het Griekse filosofische lexicon, waarin zij de term homoousion aantroffen. Deze term wil zoveel zeggen als ‘van hetzelfde wezen’ (in het Latijn: consubstantialem). Tijdens het Concilie van Nicea was de status van de Heilige Geest nog niet zo problematisch. De relatie tussen de Vader en de Zoon werd het model voor alle drie de interne relaties binnen de drie-eenheid. De formulering ‘één God, drie personen’ is hier een samenvatting van.
Door toedoen van een drietal kerkvaders (Basilius van Caesarea, Gregorius van Nyssa en Gregorius van Nazianze) uit de regio Cappadocië werden de gedachten van de concilievaders van Nicea verfijnd tot de triniteitsleer die tot de dag van vandaag orthodoxe status kent. In de geloofsbelijdenis van Nicea werd God de Vader nog als de primaire ousia gezien waaruit God de Zoon voortkwam. Dit werd aangepast door niet meer over de ousia van God de Vader te spreken; voortaan sprak men over één ousia (wezen) en drie hypostases (personen). Wanneer er dus werd gesproken over het voortkomen van de Zoon uit de Vader, dan sprak men over hypostases en niet over ousia.
Een andere discussie die door de Cappadociërs werd afgesloten is die over de aard van de relatie tussen God de Vader enerzijds, en Christus en de Heilige Geest anderzijds. De leer dat God de Vader als het ware de oorsprong was van Christus en de Heilige Geest moest verworpen worden. God de Vader kwam slechts een logische prioriteit toe, zoals de zon logischerwijs voorafgaat aan zonlicht terwijl beide tegelijkertijd aanschouwd worden. Ook werden de specifieke eigenschappen van de drie goddelijke personen gedefinieerd: God de Vader was onverwekt (agennesia), de Zoon verwekt (genesis) en de Heilige Geest was uitgegaan (ekporeusis).
De trinitaire formule wordt bij alle belangrijke handelingen van de liturgie gebruikt. Zo wordt een nieuwe gelovige tijdens de doop opgenomen in de kerk ‘in de naam van de Vader, de Zoon en de Heilige Geest’. Voor tal van handelingen geldt dat ze hun geldigheid primair ontlenen aan het gebruik van de drie-eenheidsformule. Voor de eerder genoemde dooppraktijk geldt dat, ten minste voor de Katholieke Kerk, een doop geldig is wanneer er water gebruikt wordt en er gedoopt wordt ‘in de naam van de Vader, de Zoon en de Heilige Geest’. In alle sacramenten komt de noodzaak van de trinitaire formule terug.
Ook de mis, beschouwd als liturgische gebeurtenis, wordt begonnen en beëindigd met een verwijzing naar de triniteit. Een mis vangt aan met een citaat uit de tweede brief aan de Korintiërs van de apostel Paulus: ‘De genade van de Heer Jezus Christus, de liefde van God en de gemeenschap van de heilige Geest zij met u allen’ (2 Kor 13:13). De zegening die de mis plechtig afsluit, wordt gegeven ‘in de naam van de Vader, de Zoon en de Heilige Geest’. Met recht kan dus gesteld worden dat de triniteitsleer aan de absolute basis staat van de leer en de gebruiken van de Katholieke Kerk. Dit geldt overigens ook voor de meeste andere, grote, christelijke denominaties, zoals de Oosters Orthodoxen, de Anglicanen, de Lutheranen en de meeste protestante denominaties.