Er bestaat de laatste jaren een discussie over de vraag of deze antijudaïstische theologie reeds aanwezig is in de teksten van het Evangelie, met name bij Matteüs en Johannes. De substitutietheologie bleef gangbaar tot de jaren vijftig van de 20e eeuw, in de katholieke, protestantse en orthodoxe kerken, ook in Nederland. 

Verbonden met de leer over substitutie was een bekeringstheologie. Omdat de kerk het nieuwe Israël was, moesten de joden zich bekeren tot de kerk en Jezus als de messias aanvaarden. In protestantse kerken heeft deze visie geleid tot een actieve vorm van ‘jodenzending’. In de katholieke kerk bestond enkel een indirecte vorm van jodenmissie: bekering door gebed en voorbeeld. Deze bekeringstheologie kon in bepaalde protestantse en katholieke kringen een chiliastische gestalte aannemen. Hierin werd het actuele jodendom wel degelijk van belang, zij het slechts als object van bekering. Voorzegd zou zijn dat de joden aan het einde der tijden zich zullen bekeren, individueel dan wel collectief. Teken van het aanbreken van een aan de eindtijd voorafgaand ‘duizendjarig rijk’ (chiliasme) is de fysieke terugkeer van de joden naar Palestina. Deze opvatting lag aan de basis van een theologische legitimatie van het zionisme in bepaalde protestantse en ook, maar in geringere mate, katholieke kringen.

De ervaring van de Shoah en de discussie over de (mede)verantwoordelijkheid van het christendom heeft na 1945 een theologische herbezinning op gang gebracht. De substitutie- en bekeringstheologie werd gaandeweg opgegeven en vervangen door een theologie over het ‘mysterie van Israël’, over een dialoog met het jodendom als ‘oudste broeder’ en over de blijvende heilsbetekenis van het jodendom. Christendom en jodendom worden nu gezien als twee complementaire heilsbewegingen, in dialoog met elkaar, maar ook in een kritisch gesprek. Daarbij wordt benadrukt dat het unieke heil van God in Israël in de wereld gekomen is en dat de kerk participeert in deze tot nu toe voortdurende zending van Israël. Over de relatie tussen land, volk en religie in het jodendom, actueel geworden na de vestiging van de staat Israël (1948), blijft verschil van mening binnen deze nieuwe theologie.

De katholieke kerk heeft in de verklaring Nostra Aetate (1965) tijdens het Tweede Vaticaans Concilie een eerste stap gezet op weg naar een nieuwe visie op het jodendom. In Nederland heeft de in 1951 opgerichte Katholieke Raad voor Israël met haar eerste voorzitter A.C. Ramselaar een belangrijke rol gespeeld in de theologische herbezinning. In de Gereformeerde Kerken in Nederland begint het veranderingsproces in de vijftiger jaren. Daarbij speelden de ervaringen uit de oorlog een belangrijke rol. In de jaren zestig droegen theologen als G.C. Berkhouwer en C.B. Bavinck bij aan de verandering van de theologie, al blijven anderen vasthouden dat het zendingsbevel van Christus ‘onopgeefbaar’ is. Ook in de Hervormde Kerk gaat in de jaren vijftig onder invloed van theologen als K.H. Miskotte, A.H. Van Ruler en H. Berkhof de oude theologie plaatsmaken voor een dialoog met en herwaardering van het jodendom. Daarbij speelt de Hervormde Raad voor kerk en Israël (1942) onder leiding van J.H. Grolle na de oorlog een belangrijke rol. Centraal staat het ‘gesprek met Israël’. Het synodale geschrift Israël en de Kerk (1959) markeert een waterscheiding met de oude theologie.

Antijudaïsme valt niet samen met antisemitisme, al heeft deze theologie vaak wel als bron gediend voor christelijke antisemieten. Het woord ‘antisemitisme’ verschijnt pas in de tweede helft van de 19e eeuw, binnen de politieke organisatie van antisemieten in Duitsland (Wilhelm Marr in de Antisemietenpetitie 1880). De term is verwarrend, omdat het een afwijzing suggereert van alle ‘semieten’, terwijl het de facto enkel betrekking had op het joodse volk in Europa. Sinds de introductie heeft het een veelvoud aan betekenissen gehad. In het alledaags spraakgebruik gaat het om een verzamelterm waarin allerlei aspecten bij elkaar komen, van biologisch racisme tot antizionisme, van religieus vooroordeel tot discriminatie. In de wetenschappelijke literatuur heerst eveneens meerstemmigheid. Daarbij valt op dat in een aantal gevallen het woord 'antisemitisme' strikt beperkt wordt tot een raciale visie op joden. Anderen hanteren een 'brede' definitie. Antisemitisme duidt dan op het hebben van negatieve vooroordelen over joden en op het collectief beoordelen van individuele joden volgens deze vooroordelen. Het voordeel van deze brede definitie is dat verschillende vormen van anti-joodse vooroordelen gezien worden als een samenhangend, potentieel onderling op elkaar inwerkend en elkaar versterkend historisch geheel. Binnen dit brede geheel kan men een onderverdeling in drie sub-soorten maken: a. religieus gefundeerd antisemitisme; b. socio-politiek antisemitisme; c. raciaal antisemitisme.

Religieus antisemitisme, ook wel aangeduid als ‘catechese der verguizing’, bevat een negatief vooroordeel over toenmalige en hedendaagse joden. De joden waren en zijn collectief verantwoordelijk voor de kruisdood van Jezus. Deze moord op Jezus, gebaseerd op het idee van een moreel verval van het joodse volk toentertijd (degeneratie-these), met name van de groep der farizeeërs, wordt een ‘godsmoord’ (deïcide) genoemd. Voor deze godsmoord worden de joden sindsdien gestraft met vervolging en verdrijving. De verwoesting van Jeruzalem in het jaar 70 is een eerste teken van deze goddelijke straf, de latere vervolgingen evenzeer. Er rust een goddelijke vloek op het joodse volk, dat ook impliceert dat het tot het einde der tijden gedoemd is te zwerven, zonder een eigen vaderland (Ahasverus-legende). Op grond hiervan werd ook het moderne zionisme afgewezen. In de Middeleeuwen werden nieuwe thema’s toegevoegd aan dit vooroordeel: joden werd een haat tegen het christendom verweten, de Talmoed werd gezien als een gewelddadig, a-moreel boek, joden brachten de maatschappij in gevaar door hun ‘woekerpraktijken’, joden zouden hostieschennis plegen, joden zouden christenkinderen ritueel vermoorden en de bronnen vergiftigen. Dit religieus antisemitisme heeft in de Middeleeuwen tot pogroms en verdrijvingen geleid. Dit religieus antisemitisme vond met name aanhang onder ‘het gewone volk’ in tijden van crisis (kruistochten bijvoorbeeld). De kerkelijke leiding probeerde matigend op te treden, maar voerde zelf ook een systeem van segregatie in (gele cirkel, getto, verbod op huwelijk). In deze tijd beginnen ook de eerste stereotiepen te verschijnen die in het latere raciale antisemitisme een rol spelen: joden worden afgebeeld als varkens, als wangedrochten, als dierlijke duivels. Maar ook de invoering van  de ‘statuten van de zuiverheid van het bloed’ (limpieza de sangre) in het Spanje van de 15e eeuw spelen hier een rol: (gedwongen) bekeerde joden bleven in kerkelijke ogen vanwege hun ‘bloed’ joods en dus onbetrouwbaar, ondanks hun bekering. Eind 19e eeuw kregen veel van deze religieuze vooroordelen en stereotiepen een nieuw leven binnen het antisemitisme van die dagen, met name in Frankrijk en Duitsland. De mythe van rituele moorden, verhalen over hostieschennis, de afwijzing van de Talmoed als een a-moreel boek werden opnieuw verspreid (Drumont, Rohling). Deze nieuwe mythen kregen ook in Nederland de nodige aandacht, speciaal onder ultramontaanse katholieken. 

Naast het oude, religieus antisemitisme verschijn er aan het einde van de 19e eeuw een modern antisemitisme. Allereerst het sociaal-politiek antisemitisme. Het gaat om een politieke mythe die in de joden binnen de moderne natie-staten van Europa een staatsgevaarlijke 'vijfde colonne' zien, verbonden met een geheime wereldorganisatie die zich de destabilisatie van 'law and order' tot doel stelt. De joden worden gezien als de drijvende kracht achter een veelvoud aan politieke revoluties, achter het socialisme en later het communisme, achter anarchisme en feminisme, maar ook achter vrijmetselarij, kritische journalistiek, kapitalistische overmacht, neo-malthusianisme (promotie van voorbehoedsmiddelen en geboortebeperking). De door de geheime dienst van Tsaar Nicolaas II vervalste Protocollen van de wijzen van Sion, verschenen in 1903, vormden een voorlopig hoogtepunt van dit sociaal-politieke antisemitisme van de 19e eeuw. Dit geschrift zal na 1918 een van de belangrijke bronnen voor het antisemitisme van de nazi’s worden. Dit sociaal-politieke antisemitisme drong ook door binnen de kerken en het christelijk milieu, al verschilt het per land en tijd. In Nederland had de mythe over een joodse samenzwering, over joodse woeker en soms over rituele moorden aanhang onder ultramontaanse katholieken aan het einde van de 19e eeuw en later onder ‘Katholieke Jongeren’ en katholieke standsorganisaties voor arbeiders in de jaren ’30 van de 20e eeuw. Ook de Bijbelgeleerde J. van der Ploeg OP met zijn boek Het Joodsche vraagstuk (1940) is hier te noemen. In de protestantse wereld zijn de antisemitische uitlatingen van de antirevolutionaire politicus Abraham Kuyper, van W. ten Boom (de Nederlandsche Vereeniging voor Israël) en van de predikant Francis van Gheel Gildemeester te noemen, maar ook de theologie van de ‘Duitse Christenen’ in Duitsland na 1933 werd gekenmerkt door dit antisemitisme. Vaak was dit sociaal-politiek antisemitisme verbonden met antijudaïsme en religieus antisemitisme. 

In de 19e eeuw verscheen ook een modern, raciaal antisemitisme. Op basis van een sociaal-darwinisme werd een biologische gekleurde rassentheorie en rassenstrijd (‘survival of the fittest’) verdedigd, waarbij het blanke ras, of speciaal het ‘arische ras’, aan de top van een rangorde geplaatst werd. Onderzoekers spreken over de opkomst van ‘een arische mythe’ (Poliakov). Joden stonden laag op deze raciale ladder, zij vormden een parasitair ‘mengras’ van ‘Untermenschen’. Het antisemitisme van de nazi's is de consequente uitvoering van dit raciaal antisemitisme van de 19e eeuw. De vervolging van de joden in nazi-Duitsland, in 1933 begonnen met een economische vervolging, voortgezet als een raciale segregatie (rassenwetten van Neurenberg 1935), nam de gestalte aan van een pogrom (november 1938) en mondde uit in een totale oorlog tegen het joodse volk, de zogenaamde Endlösung.

Het raciale antisemitisme van de nazi’s kon op weinig steun rekenen vanuit het christendom. Het werd afgewezen als een vorm van ‘nieuw-heidendom’, strijdig met de visie in het Bijbelboek Genesis. De leer over de eenheid van het mensengeslacht, de afstamming van één ouderpaar (Adam en Eva) en de leer dat de mens ‘een beeld van God’ (imago dei) is, wierp een hoge drempel op. Er hebben in de marge christenen bestaan, bijvoorbeeld in de kring van ‘Duitse Christenen’, die deze rassentheorie wel aanhingen. Ook de theologische steun aan het raciale apartheidsbewind in Zuid-Afrika moet in deze traditie geplaatst worden.

Na de Shoah en het einde van de Tweede Wereldoorlog kwam, vertraagd, een bezinningsproces binnen de christelijke kerken op gang. Vraag was of het christendom met haar antijudaïsme, haar religieus antisemitisme en niet zelden ook een sociaal-politiek antisemitisme (mede)verantwoordelijk was voor het moderne antisemitisme en voor de daaruit voortvloeiende jodenvervolging, uitlopend op de Shoah. In de katholieke wereld speelde de felle beschuldiging aan het adres van paus Pius XII in het overigens niet op historische feiten berustende toneelstuk Der Stellvertreter van Rolf Hochhuth (1963) een katalyserende rol. In de protestantse kerken speelde de schaamte over de nazi-sympathie onder de ‘Duitse Christenen’, een meerderheid binnen de protestantse kerken in Duitsland vóór de oorlog, een grote rol.

In een traag proces van zelfkritische bezinning werd langzaam maar zeker erkend dat antijudaïsme en christelijk antisemitisme een voedingsbodem geweest zijn voor het moderne antisemitisme. Het Tweede Vaticaanse Concilie wees in de constitutie Nostra Aetate de visie op collectieve schuld van het joodse volk voor de dood van Jezus van de hand en veroordeelde elke vorm van antisemitisme. Paus Johannes Paulus II sprak in de jaren ’90 van de 20e eeuw definitief een ‘mea culpa’ uit, zonder overigens de rol van Pius XII ter discussie te stellen. In maart 1998 publiceert de Vaticaanse Commissie voor Religieuze Relaties met de Joden het document Wij herinneren ons. Een beschouwing over de Shoah. De Nederlandse bisschoppen publiceerden in 1995 hun brief Levend uit één en dezelfde wortel, in 1999 gevolgd door de brief Levend met één zelfde hoop. Ook hier werd zelfkritiek gecombineerd met een poging de dialoog met het jodendom te herstellen. Ook in de protestantse wereld komt na 1945, gestimuleerd door een aantal voormannen uit de traditie van de ‘Belijdende Kerk’, een bezinningsproces op gang. Genoemd kan worden de verklaring van de ‘rijksbroederraad’ van de Evangelische Kerk in Duitsland al in 1948; de verklaring The Christian Approach to the Jews van de Wereldraad van Kerken, bijeen in Amsterdam in 1948, gevolgd door een Resolution on Anti-Semitism tijdens de derde bijeenkomst in 1961. Ook genoemd kan worden de gezamenlijke verklaring van de Evangelische Kerk uit Oost- en West-Duitsland in 1988, bij de herdenking dat 50 jaar daarvoor de november-pogrom plaatsvond. In Nederland erkende de Raad van Kerken in een Verklaring betreffende het hardnekkig antisemitisme, bestemd voor christenen en kerken in Nederland (1981) expliciet een medeverantwoordelijkheid voor de Shoah. 

De theologische herwaardering van de joodse religie en het mea culpa met betrekking tot antisemitisme en jodenvervolging ging gepaard met een verandering van de christelijke houding tegenover het zionisme (= de politieke beweging van het joodse volk gericht op een nationale identiteit en vestiging van een eigen staat). De christelijke kerken hadden vóór de Tweede Wereldoorlog een ambivalente houding tegenover het zionisme. Op grond van substitutie-theologie, eigenbelang en politieke keuzes werd het zionisme door velen afgewezen. Andere christenen stelden zich, ook op theologische gronden (uitverkiezing van Israël, band tussen religie, volk en land of chiliastische verwachting van de ‘inzameling der ballingen’ in Palestina), positief op. De afwijzing van het zionisme was in katholieke kring sterker dan in protestantse kring. De vestiging van de nieuwe staat Israël (1948) dwong de kerken tot een herbezinning. In 1970 publiceerde de generale synode van de Nederlands Hervormde Kerk het rapport Israël, volk, land en staat, waarin sterk pro-zionistisch gesproken werd. De Gereformeerde Kerken in Nederlanden aanvaardden in 1983 het bestaansrecht van de staat Israël. De katholieke kerk was lange tijd een verklaard tegenstander van de nieuwe staat. Na lang aarzelen erkende het Vaticaan eind 1993 de staat Israël. Linkse christenen uit de vredesbeweging (Pax Christi en IKV) hadden vanwege hun partijdigheid voor het onderdrukte Palestijnse volk grote moeite met deze pro-Israël-houding van de kerken en wezen tijdens de Zesdaagse Oorlog (1967) en de Jom Kippoer-oorlog (1973) een ‘sacralisering van het zionisme’ op politieke gronden af.