Athanasius is geboren in 295 (of een enkel jaar later) in Alexandrië, waar hij ook een (klassieke) opleiding ontvangt. In 319 wordt hij tot diaken gewijd en hij gaat enkele jaren later als secretaris de bisschop van Alexandrië dienen. In die hoedanigheid begeleidt hij de bisschop naar het Concilie van Nicea, waar hij opvalt door zijn debatten met de arianen. In 328 sterft de bisschop en wordt Athanasius tot zijn opvolger verkozen. Hij is dan nog zeer jong, hoogstens 33 jaar, maar krijgt de verantwoordelijkheid over de kerk in een wereldstad, als ook het toezicht over de kerk en de bisschoppen van geheel Egypte en Lybië.
De christenvervolgingen zijn nog maar korte tijd voorbij (in 303 en 311 had Athanasius als jongen de laatste twee nog meegemaakt). Constantijn was (in 312) tot het christelijk geloof overgegaan en keizer geworden. Hij had in het Romeinse Rijk vrijheid van godsdienst uitgeroepen, waarbij aan de christelijke kerk steeds meer voorrechten worden verleend. Dit veroorzaakt een geweldige expansie van de kerk. Tegelijk zit de kerk van Egypte en in het bijzonder van Alexandrië in grote problemen. Arius, een Alexandrijnse presbyter, had de visie uitgedragen dat Jezus een bijzonder schepsel was en niet echt God. Deze visie was wel in Nicea veroordeeld, maar heeft in de wereldkerk, ook in Egypte en Alexandrië, nog veel aanhang, ook onder bisschoppen en geestelijken. Een tweede probleem heeft te maken met een scheur-kerk in Egypte. Een zekere Meletius had bezwaar tegen de milde wijze waarop de kerk met christenen omging die tijdens vervolging niet staande waren gebleven, maar na de vervolging toch weer christen wilden zijn. Meletius wilde strenge tucht in dezen. Toen de kerk die niet gaf stichtten hij en zijn aanhangers een eigen kerk, waarbij in vele Egyptische steden een tegen-bisschop werd aangesteld. Ook hiervoor was in Nicea (325) een oplossing voorgedragen, maar zonder resultaat.
Athanasius kan de eerste jaren na zijn wijding in een zekere rust zijn werk doen: hij brengt bezoeken in allerlei delen van Egypte om de kerk te ordenen en op te bouwen. Maar al snel gaan meletianen en arianen hem bestrijden. Deze twee stromingen, hoe verschillend ook, gaan daarvoor samenwerken. Dit leidt ertoe dat in 335 te Tyrus een synode wordt gehouden. Athanasius wordt er beschuldigd van geweld tegen zijn tegenstanders. Beroemd is een van de gebeurtenissen op deze synode. Athanasius krijgt het verwijt als zou hij een zekere Arsenius hebben laten ombrengen en diens hand voor magische doeleinden weggenomen. Athanasius had deze Arsenius, die ondergedoken was, laten opsporen. En als de beschuldiging wordt geuit, gaat de deur open en wordt Arsenius levend en met zijn hand binnengebracht. Toch wordt Athanasius veroordeeld op grond van het feit dat zijn wijding onwettig zou zijn. Eerst is keizer Constantijn niet onder de indruk van deze veroordeling. Maar als hem wordt voorgehouden dat Athanasius ook de graanleveranties vanuit Egypte naar Rome zou proberen te dwarsbomen, stuurt hij Athanasius in ballingschap. Hij laat ondertussen geen nieuwe bisschop verkiezen: een teken dat hij niet overtuigd was dat Athanasius werkelijk schuldig was aan de dingen die hem ten laste werden gelegd. Hij moet in ballingschap, en wel naar het West-Europese Trier. Hierdoor kan Athanasius belangrijke contacten opbouwen met de bisschoppen uit het westen. In november 337, na de dood van Constantijn, krijgt hij toestemming om weer terug te keren.
In 339 wordt Athanasius op een synode te Antiochië opnieuw afgezet. Hij moet weg uit Alexandrië en zoekt toevlucht bij de bisschop van Rome, Julius. Deze onderzoekt de zaak en op een grote synode te Sardica wordt Athanasius in 343 verklaard de wettige bisschop van Alexandrië te zijn. Toch krijgt hij pas in 346 gelegenheid terug te keren.
Als in 350 de ariaans-gezinde keizer Constantius de alleenheerschappij krijgt roept hij een synode bijeen om Athanasius te veroordelen. Deze vindt plaats te Milaan in 355. Vervolgens laat hij een jaar later soldaten de kerk omsingelen waar Athanasius de dienst leidt. Vanwege de grote steun die Athanasius onder het volk heeft, wordt geprobeerd hem onopvallend in de nacht ter arresteren. Maar Athanasius weet ongemerkt te ontkomen en vlucht naar de monniken in de woestijn. Daar duikt hij voor zes jaar onder en laat een heel aantal geschriften het licht zien: bovenal verdedigende stukken zowel over de theologie van de arianen als de (gewelddadige) manier waarop zij en de overheid zijn opgetreden tegen de orthodoxe christenen, niet in het minst tegen de monniken en nonnen. In 361 wordt Julianus keizer. Als afvallige christen streeft hij naar een restauratie van het heidendom. Hij laat korte tijd later alle verbannen bisschoppen terugkeren, in de hoop dat daarmee de kerk verdeelder zal raken en zwakker worden.
Als Athanasius in 362 terugkomt in Alexandrië zet hij zich sterk in om de semi-arianen, die feitelijk heel anders waren dan de arianen, voor zich te winnen. Er wordt een synode gehouden om hen te laten zien wat het orthodoxe standpunt werkelijk inhoudt, met goed gevolg. Heel veel semi-arianen sluiten zich aan bij de orthodoxen. Als Julianus bemerkt hoe Athanasius vrede en orde bewerkt in de kerk wordt hij opnieuw in ballingschap gestuurd. In 363 overlijdt Julianus en kan Athanasius weer terugkeren. In 365 wordt hij nogmaals voor een klein half jaar in ballingschap gestuurd. Maar als de bevolking van Alexandrië hierdoor in opstand dreigt te komen laat keizer Valens Athanasius snel terugkeren. Hij heeft dan nog 7 jaar waarin hij in betrekkelijke rust zijn werk kan doen, tot hij op 2 mei 373 sterft.
Athanasius was aanvankelijk begraven in Alexandrië, maar later werd hij naar Italië overgebracht. Toen in 1973 paus Shenouda III van de Koptische Kerk van Egypte een bezoek bracht aan de paus van Rome kreeg hij de stoffelijke resten van Athanasius mee. Deze zijn nu bijgezet in de nieuwe Koptische kathedraal van St. Marcus in Cairo.
Athanasius heeft vooral dogmatisch-polemische werken nagelaten om de arianen te bestrijden. Het bekendste werk is wel: De redevoeringen tegen de arianen. Maar verder zijn ook te noemen: Verdediging van het concilie van Nicea, De rondzendbrief aan bisschoppen van Egypte, en De verdediging tegen de arianen.
Over de geschiedenis van de arianen, waarbij ook hun wijze van optreden aan de orde komt, heeft hij geschreven in De geschiedenis van de arianen, voor de monniken. Toen later de visie werd uitgedragen dat Jezus wel de ware Zoon van God was, maar dat de heilige Geest niet werkelijk God was, heeft hij ook daar een boek aan gewijd: De brieven aan Serapion.
Verder heeft hij twee, zeer bekende, apologetische werken geschreven, die meestal vroeg in zijn leven gedateerd worden: Tegen de heidenen en Over de vleeswording van het Woord.
Een gewichtig deel van Athanasius’ werken wordt gevormd door de ascetische geschriften. Vooral is te denken aan Het leven van Antonius, een geschrift waarin hij een levensbeschrijving geeft van de monnik Antonius en dat een immense invloed heeft gehad in de kerk, ook in het westelijke deel (bijvoorbeeld bij Augustinus). Ook zijn de geschriften te noemen over de maagden: Brief aan de maagden, Over de maagdelijkheid, Brief aan de maagden die naar Jeruzalem gingen om te bidden en terugkeerden. Andere min of meer ascetische geschriften zijn: Over liefde en zelfbeheersing en Over ziekte en gezondheid.
Een aparte categorie vormen de zogenaamde Paasbrieven. Elke jaar schreef de bisschop van Alexandrië voor de paastijd een brief, vol bemoediging, aansporing, en opwekking aan de christenen. De Paasbrief voor 367 is heel bekend geworden, omdat Athanasius daarin een lijst geeft van de canonieke bijbelboeken.
Van Athanasius zijn maar weinig exegetische werken overgeleverd. Afgezien van enkele fragmenten van een commentaar op Genesis en het Hooglied, is vooral te noemen zijn commentaar op de Psalmen: Verklaringen bij de Psalmen. Daarbij ook nog een boekje over het goede gebruik van de Psalmen: De brief aan Marcellinus, over de uitleg van de Psalmen.
Tenslotte noemen we nog een heel aantal brieven van Athanasius aan individuele personen en aan de monniken, waar opmerkelijke brieven tussen zitten. Te denken is aan De brief aan Serapion met een beschrijving van de wijze waarop Arius gestorven is. Verder De brief aan Amun, over seksualiteit, en De brief aan Epictetus, waarin hij de verhouding van het mens-zijn tot het God-zijn in Jezus bespreekt.
Athanasius was niet een theoloog die speculatief de geloofszaken doordacht om zo een omvattende theologie te ontwerpen, zoals bijvoorbeeld Origenes, Gregorius van Nyssa en Augustinus wel waren. De theologie van Athanasius is voor een groot deel verbonden aan zijn levenslange strijd tegen het arianisme. Hij had als geestelijk leider van de Egyptische kerk en als mede-verantwoordelijke voor de wereldkerk te maken met de visie van Arius en zijn aanhangers. Zijn theologie is voor een groot deel daarop gericht. Daardoor is de persoon van Christus, het waarachtig God-zijn van Hem, het grote onderwerp waar zijn denken en schrijven om draait.
Athanasius zag in de leer van Arius een ernstige afwijking van het heilig geloof. Zijn verwijt tegen Arius is dat deze het geloof wil inpassen in het menselijk denken. Wat de mens mogelijk en redelijk acht is het kader waarbinnen de openbaring wordt geperst. Iemand als de kerkhistoricus Von Harnack heeft dan ook gesteld dat door Arius het christelijk geloof werd vergriekst. Inderdaad sloot Arius met zijn opvatting naadloos aan bij het Griekse denken. Dat wist van het Ene dat boven alles staat. Maar dat Ene is ver boven de mensen verheven en kan geen aanraking met het menselijke hebben. Arius beschreef God in Zijn verhevenheid en majesteit. Maar dat God mens wordt, was voor hem onmogelijk. Jezus was een bijzonder hoog schepsel. Geschapen voor de mens tot heil. God had een bemiddelend wezen nodig tussen Zichzelf en de mens. Maar God zelf is te hoog dan dat Hij onmiddellijk contact zou kunnen hebben met de mens. Athanasius verzette zich heftig tegen dit inkapselen van de geloofsgeheimen in het menselijke denken. Niet ons verstand bepaalt wat God is, maar God bepaalt hoe wij moeten denken. Athanasius stond zijn hele leven pal voor het geloofsmysterie dat het verstand te boven gaat, maar daarom niet twijfelachtig is. Athanasius stelt: God is niet zo onmachtig, dat Hij een tussenwezen nodig heeft om te kunnen scheppen, maar ook is Hij niet hoogmoedig, dat hij zonder een dergelijk tussenwezen niet scheppen wil.
Deze onverzettelijkheid op dit punt had ook een praktische spits. Voor Athanasius stond het vast dat als Jezus niet werkelijk God was, de verlossing niet echt zou zijn. Want niemand kan de mens verlossen dan God. Als Jezus alleen een bijzonder schepsel was, zou er geen verlossing zijn en was de mens nog helemaal onderworpen aan de macht van de sterfelijkheid en het kwaad en de boze. Als niet Gods Zoon mens is geworden, kunnen de mensen geen kinderen van God worden. Zo is een belangrijk inzicht van Athanasius samen te vatten. Het ging Athanasius om de werkelijke verlossing van de mensen. Dat wordt onderstreept door de nadruk op de ascese die we in zijn geschriften aantreffen. Ascese is het instrument om hier en nu in dit leven al uit het heil te leven en iets van de vernieuwing en verlossing deelachtig te worden.
Deze concentratie op de verlossing en het heil had binnen de Alexandrijnse traditie, waarin Athanasius stond, gevolgen. Had Origenes toch een meer speculatieve instelling gehad, bij Athanasius vindt er een terugbuiging plaats naar het meer heilshistorische zoals bij Irenaeus. Athanasius zou theologisch met recht een kruising van Irenaeus en Origenes genoemd kunnen worden.
Tot aan het einde van de 19de eeuw werd Athanasius algemeen in hoge eer gehouden vanwege zijn standvastige verdediging van het waarachtig God-zijn van Jezus. Er werd wel gezegd: Athanasius contra mundum (Athanasius tegen de gehele wereld). In de 20ste eeuw is er door verschillende historici een ander beeld geschetst: Athanasius als de kerkpoliticus, die gewelddadige middelen niet schuwde om zijn zin door te zetten, een man die uit was op het bewaren van zijn macht. Zijn er in de 20ste eeuw nieuwe feiten aan het licht gekomen die een dergelijke herinterpretatie rechtvaardigen? Dat is niet zo. Wel kan gesteld worden dat men soms de beschuldigingen van de tegenstanders meer als rechtmatig is gaan bezien. Daar wordt onder historici tot op heden heel verschillend over gedacht. Blijft wel staan dat de beschuldigingen niet te bewijzen zijn en dat er ook juist allerlei zaken zijn die verschillende beschuldigingen ontkrachten. Ook blijft staan dat de levensgang van Athanasius moeilijk te verklaren is vanuit een in hem aanwezig verlangen naar macht. Hij gaat immers tot 5 keer toe in ballingschap omwille van het geloof in Christus als eeuwige Zoon van God, terwijl een meer buigzame en toegefelijke opstelling hem zijn zetel wellicht had laten behouden. Athanasius als strijder voor het orthodoxe geloof lijkt toch de meest faire interpretatie van zijn leven te geven.
De geschriften van Athanasius hebben in de westerse kerk niet zoveel opgang gemaakt. Hij is in de schaduw geraakt van Augustinus, die wat betreft christologie in het spoor gaat van Athanasius, en tegelijk wat betreft thematiek breder en qua denkkracht omvattender is, al zijn er in de 20ste eeuw juist ook verschillende promoties in Nederland geweest op Athanasius.