In navolging van F. Loofs werden de werken Tegen de nestorianen en Tegen de monofysieten (de titels zijn van later datum) lange tijd aan Leontius van Byzantium toegeschreven. Aangezien men meer aandacht schonk aan de andere werken van de Byzantijnse theoloog, bleven deze twee geschriften onderbelicht. In 1944 publiceerde M. Richard echter een invloedrijk artikel, waarin hij betoogt dat de christologie en de antropologie in deze twee werken dusdanig verschilt van die van Leontius van Byzantium, dat ze door een andere persoon geschreven moeten zijn. In de handschrifttraditie wordt gesproken over ‘de monnik Leontius van Jeruzalem’. Sinds het artikel van Richard wordt de auteur van beide werken met die naam aangeduid. Overigens zijn er ook nu nog onderzoekers die beide auteurs identificeren.
Van Leontius van Jeruzalem is weinig bekend. Hij is waarschijnlijk werkzaam geweest in zowel Jeruzalem als Constantinopel, maar men verschilt van mening over de plaats waar beide werken zijn geschreven. Richard identificeert hem met de monnik Leontius die deelnam aan het colloquium tussen chalcedoniërs en miafysieten in Constantinopel in 532 en eveneens met de monnik met die naam die in 536 op de anti-miafysitische synode in de hoofdstad aanwezig was. De meesten blijven er echter bij dat het in beide gevallen om Leontius van Byzantium gaat.
Op basis van de inhoud kunnen de werken vrij exact worden gedateerd. Ze moeten geschreven zijn nadat de miafysitische leider Severus van Antiochië op een synode in Constantinopel is veroordeeld, dus na 536, en voordat de controverse over de Drie Kapittels (betreffende Theodorus van Mopsuestia, Theodoretus van Cyrus en Ibas van Edessa) uitbrak, dus vóór 544.
Tegen de nestorianen omvatte oorspronkelijk acht boeken van verschillende lengte, waarvan het laatste verloren is gegaan. Het bevat een groot aantal citaten van een nestoriaan, waarop Leontius zijn commentaar geeft. De tekst van de nestoriaan moet op zich al een reactie zijn geweest op een verloren gegaan werk van Leontius.
Tegen de monofysieten valt in twee afzonderlijke werken uiteen. Het eerste wordt aangeduid als 63 aporiai en beschrijft en becommentarieert een serie problemen die met de miafysitische visie samenhangen. De argumentatie is speculatief van aard. Het tweede heet Getuigenissen van de heiligen, maar het bevat naast een florilegium van kerkvaderteksten ook speculatieve en historisch-theologische gedeelten. Beide delen waren oorspronkelijk waarschijnlijk appendices bij een veel groter werk dat verloren is gegaan.
Ook diegenen die Leontius van Jeruzalem onderscheiden van Leontius van Byzantium zijn het niet eens over de mate waarin de visies van beiden van elkaar verschillen. Volgens Richard is het verschil groot. Hij beschouwt de eerste als een neo-chalcedoniër, die expliciet dat deel van het gedachtegoed van Cyrillus van Alexandrië dat in de definitie van Chalcedon niet meegenomen is, wil incorporeren in zijn christologie. Zijn Byzantijnse collega daarentegen zou een strikte chalcedoniër zijn, die zich wil beperken tot een uitwerking van de definitie van het concilie, zonder daarbij het werk van Cyrillus van Alexandrië te betrekken. Vooral dit onderscheid in christologie heeft bij anderen weerklank gevonden.
Ook de antropologie van beide Leontii zou volgens Richard wezenlijk verschillen. S. Otto, die zijn onderzoek hierop heeft toegespitst, komt echter tot een andere conclusie. Naar zijn mening bouwt Leontius van Jeruzalem voort op het werk van de Byzantijnse theoloog, waarbij hij deze niet zozeer corrigeert als wel preciseert. In de kern zouden beiden het met elkaar eens zijn.
In zijn christologie gaat Leontius van Jeruzalem duidelijk verder dan het concilie van Chalcedon. In de definitie van het concilie wordt het resultaat van de incarnatie ‘één hypostase’ en ‘één persoon (prosôpon)’ genoemd. Daarbij wordt geen verbinding gelegd met de hypostase van het Woord, de tweede Persoon van de Drie-eenheid, zoals die term in de triniteitsleer sinds de vierde eeuw gemeengoed was geworden. Die verbinding legt onze auteur wel. Tegenover de nestorianen benadrukt hij dat er in Christus slechts één hypostase is, de hypostase die het Woord van eeuwigheid heeft. De menselijke natuur van Christus heeft geen eigen hypostase, maar existeert in de hypostase van het Woord. Hij gebruikt hiervoor het woord enhypostatos en introduceert een aantal verwante termen.
Men kan zeggen dat hij hiermee inderdaad het gedachtegoed volgt van de Alexandrijnse traditie in het algemeen en van Cyrillus van Alexandrië in het bijzonder: er wordt benadrukt dat het eeuwige Woord het initiatief neemt, terwijl de mensheid wordt ‘toegevoegd’. Ook in andere opzichten sluit hij aan bij de theologie uit Alexandrië. Enerzijds distantieert hij zich weliswaar van de aphthartodoceten, de volgelingen van Julianus van Halicarnassus, die leerden dat het lichaam van Christus vanaf de conceptie onlijdelijk en onbederfelijk was en slechts kon lijden voorzover het Woord het toeliet. Volgens Leontius werd Jezus’ lichaam pas bij de opstanding onlijdelijk. Anderzijds ruimt hij een grote plaats in voor de vergoddelijking (deïficatie) van de mensheid van Christus, al tijdens zijn leven op aarde. Volgens A. Grillmeier schetst Leontius van Byzantium een soberder beeld van Christus.
Beide Leontii kennen een individuatie in twee – logische, niet chronologische – stadia. Het eerste stadium is het ontstaan van een individuele natuur uit een algemene natuur, bijvoorbeeld een individuele menselijke natuur uit de algemeen-menselijke natuur. Deze eerste individuatie zegt nog niets over het al of niet gescheiden zijn van andere individuele naturen. Het tweede stadium betreft juist die gescheidenheid van andere individuele naturen. Als een individuele mens ontstaat bij de conceptie, dan vallen beide stadia samen: uit de algemeen-menselijke natuur komt een individuele natuur voort (eerste stadium), die als zodanig gescheiden van andere individuele naturen gaat bestaan (tweede stadium). Bij de incarnatie van het Woord komt eveneens een individuele menselijke natuur voort uit de algemeen-menselijke natuur (eerste stadium), maar deze wordt tegelijkertijd verbonden met het Woord en vindt zijn gescheidenheid van andere menselijke naturen (tweede stadium) in zijn verbondenheid met het Woord.