John Locke schreef de Brief over tolerantie toen hij in de jaren ’80 van de zeventiende eeuw in Nederland verbleef. Waarschijnlijk is de brief, gericht aan de remonstrantse theoloog Philippe van Limborch, in 1685 in Amsterdam geschreven.
De zeventiende eeuw was een tijd van godsdienstoorlogen en vervolgingen. Katholieken en protestanten vervolgden elkaar en ook tussen protestanten onderling was er strijd. In Engeland speelde de strijd zich af tussen de anglicaanse vertegenwoordigers van de officiële kerk enerzijds en andere protestanten en katholieken anderzijds. Karel II was vooral op tolerantie voor katholieken uit, terwijl Locke en zijn werkgever en vriend Anthony Ashley Cooper, graaf Shaftesbury, met name op tolerantie van protestanten onderling uit waren. Uiteindelijk won de kant die Locke had gekozen, maar niet voordat in 1688 de Glorious Revolution plaatsvond, waarbij de anglicanen in een verbond met Willem van Oranje de katholieken en katholiek gezinden versloegen en Jacobus Stuart (James II) wisten te verjagen van de Engelse troon.
In Nederland, dat in de praktijk al veel toleranter was dan de andere Europese landen, was er een strijd gaande tussen enerzijds de Remonstranten of Arminianen, genoemd naar Jacob Harmensz. (Arminius) en anderzijds de anti-remonstranten. Harmensz. was oorspronkelijk een calvinistisch theoloog die in Genève had gestudeerd. Hij kon zich naar verloop van tijd echter niet meer vinden in de calvinistische predestinatieleer. Volgens de arminianen ligt de verantwoordelijkheid voor de genade deels ook bij de mens zelf, een stelling die rechtstreeks tegen het calvinisme ingaat.
Locke koos partij voor de arminianen of remonstranten. Onder invloed van de al genoemde Philippe van Limborch en een andere remonstrantse theoloog, Jean Leclerc, veranderde de vroeger conservatieve Locke van een tegenstander van tolerantie (zie zijn Letter concerning toleration uit 1667) in een voorstander ervan.
De Brief over tolerantie draait om twee stellingen. De eerste stelling betreft de genadeleer. De staat kán iemand om theologische redenen niet dwingen een bepaald geloof aan te hangen Volgens de remonstranten of Arminianen is de mens namelijk zelf in staat ervoor te kiezen de genade Gods te aanvaarden of deze juist af te wijzen. In aansluiting bij die stelling zegt Locke dat de keuze voor het heil nooit door iemand anders kan worden afgedwongen – niet, zoals een calvinist zou kunnen betogen – omdat de genade puur van God zou afhangen, maar juist omdat de ziel zich uit zichzelf kan instellen op de genade. “Wat men ook met de mond belijdt, wat voor uiterlijke eredienst men beoefent, wanneer men er niet in het diepst van zijn hart van overtuigd is dat het waar is en God behaagt, dan zal dit niet alleen niets toevoegen aan het heil, maar zal dit het veeleer nog in de weg staan” (Brief, 1.1., p.31). De macht van de overheid (Locke zegt “de magistraat”) berust op dwang en dwang kan niets uitrichten met betrekking tot het innerlijk geloof.
De tweede stelling van Locke heeft betrekking op de verhouding tussen kerk en staat. De kerk heeft geen autoriteit over de burgerlijke vrijheden. Een kerk kan bijvoorbeeld iemand weliswaar excommuniceren, maar mag hem niet zijn vrijheid of bezit afnemen, laat staan hem verwonden of doden. Andersom heeft de staat zich niet te bemoeien met de inhoud van het geloof, behalve waar het geloof de burgerlijke vrijheden raakt. Vandaar dat Locke tolerantie voor katholieken afwijst: de kerk van Rome is een soevereine staat die katholieken kan vragen tegen de overheid van hun geboorteland in te gaan.
Het zou een invloedrijk argument blijken. Pas in 1829 kon er voor het eerst weer een katholiek plaatsnemen in het Britse parlement. De reden om het katholicisme niet te tolereren is een argument op grond van een verdenking van dubbele loyaliteit. Juist omdat Locke kerk en staat strikt wilde scheiden was hij tegen tolerantie voor katholieken, die immers kerk en staat niet scheidden, voorzover katholieken ook in wereldse zaken gehoorzaamheid verschuldigd waren aan de paus, zo argumenteerde Locke.
Onnodig te zeggen dat dergelijke argumenten, hoewel niet noodzakelijk betreffende dezelfde partijen, ook vandaag de dag nog erg actueel zijn.