Veel werk van Bouyer is later heruitgegeven. Voor zover bekend worden de heruitgaven genoemd. Enkele van zijn werken zijn in het Nederlands vertaald.

Bouyers belangrijkste titels zijn:

• L’Incarnation et l’Église Corps du Christ dans la théologie de saint Athanase, coll. Unam Sanctam (11), 1943.

• La Bible et l'Évangile: Le sens de l'Écriture, Cerf, 1945.

• Le Mystère Pascal (Paschale Sacramentum): Méditation sur la liturgie des trois derniers jours de la Semaine Sainte, Paris, Cerf, coll. Lex orandi (6), 1945 (coll. Foi vivante (6), 1965).

• La vie de saint Antoine: Essai sur la spiritualité du monachisme primitif, Abbaye de Saint-Wandrille, Éditions de Fontenelle, coll. Figures monastiques, 1950.

• Le Sens de la vie monastique, Cerf, 1950.

• Newman: Sa vie – sa spiritualité, Cerf, 1952.

• La Bible et l’Évangile. Le sens de l’Écriture: du Dieu qui parle au Dieu fait homme, Éditions du Cerf, coll. Lectio divina, 1952.

• Du Protestantisme à l’Église. Voorwoord door P. Guy de Broglie s.j., Cerf, coll. Unam Sanctam (27), 1955.

• La vie de la liturgie: Une critique constructive du mouvement liturgique, Cerf, coll. Lex orandi (20), 1956.

• Création et Salut, Cerf, 1957.

• Le Trône de la Sagesse: Essai sur la signification du culte marial, Cerf, 1957 (1987).

• Initiation chrétienne, Plon, 1958.

• Humain ou chrétien, Desclée, 1958.

• Histoire de la spiritualité chrétienne, deel I: La spiritualité du Nouveau Testament et des Pères; deel II: La spiritualité du Moyen Âge; deel III: La spiritualité orthodoxe et la spiritualité protestante et anglicane, Aubier, 1960, 1961, 1965.

• La spiritualité du Nouveau Testament et des Pères, Aubier, 1961(2^e éd. herzien en uitgebreid 1966).

• Dictionnaire théologique, Desclée, 1963 (herzien 1990).

• Le Rite et l'homme: Sacralité naturelle et liturgie, Cerf, 1962.

• Dom Lambert Beauduin, Un homme d'Église, Casterman, 1964.

• Eucharistie, Théologie et spiritualité de la prière eucharistique, Desclée, 1966 (Cerf, 2009)

• Architecture et liturgie, Cerf, 1967.

• La Décomposition du Catholicisme, Aubier, 1968.

• L’Église de Dieu, corps du Christ et temple de l’Esprit, Cerf, 1970.

• Le Fils éterne: Théologie de la Parole et christologie, Cerf, 1974.

• Religieux et clercs contre Dieu, Aubier, 1975 (1992).

• Le Père invisible: Approches du mystère de la divinité, Cerf, 1976.

• Le Consolateur, Cerf, 1981.

• Cosmos: Le monde et la gloire de Dieu (Creation et salut), Cerf, 1982.

• Prélude à l'Apocalypse ou les derniers chevaliers du Graal, Critérion, 1982.

• Sir Thomas More, humaniste et martyr, Veilleurs de la foi, 1984.

• Les Lieux magiques du Graal: de Brocéliande en Avalon, O.E.I.L., 1986.

• Gnosis: La connaissance de Dieu dans l'Ecriture, Cerf, 1988.

• Figures mystiques féminines, Cerf, 1989.

• Sophia ou le monde en Dieu, Cerf, 1994.

• Mémoires, geannoteerd door J. Duchesne, Cerf, 2014.