Zoals boven al even aangestipt wordt de filosofie van Leibniz gewoonlijk gerekend tot het rationalisme. Deze filosofische stroming is misschien het makkelijkst te begrijpen door haar te contrasteren met de andere grote stroming in de zeventiende eeuwse filosofie, het empirisme. Empiristen, zoals John Locke, argumenteren dat kennis van de wereld alleen door de waarneming ontstaat: er is niets in de geest dat niet uit de waarneming afkomstig is. Het rationalisme argumenteert daarentegen dat de waarneming bedrieglijk is en dat het zuivere denken, los van de waarneming, de enige ware kennis van de wereld oplevert. De wereld van de zintuigen verandert steeds, terwijl de principes van de werkelijkheid hetzelfde blijven. Zulke principes kunnen alleen door het denken worden gevonden. Een zo’n principe is dat de werkelijkheid enerzijds bestaat uit substanties: zelfstandige zijnden die voor hun bestaan van niets anders (behalve God) afhankelijk zijn, en anderzijds uit de eigenschappen van substanties, accidenten of attributen genaamd. Nu had Descartes gesteld dat er twee soorten substanties zijn, namelijk zielen en materie. Zielen bestaan wezenlijk uit denken, terwijl materie wezenlijk uit uitgebreidheid bestaat – materie is volgens Descartes dus louter iets dat ruimte inneemt, terwijl de ziel samenvalt met bewustzijn. Leibniz lanceert een andere opvatting van substantie. Materie kan geen substantie zijn, volgens Leibniz: een substantie is één, maar materie is oneindig deelbaar; een substantie is zelfstandig, maar materie kan worden beïnvloed, namelijk gedeeld. Leibniz stelt dan ook dat substanties puur geestelijke dingen zijn. Hij noemt deze substanties monaden, van het Griekse ‘monas’, eenheid. De monaden vormen de bouwstenen van de werkelijkheid. Materie is slechts de verschijningsvorm van de monaden, hun fenomenale aspect (fenomeen betekent letterlijk verschijning). Monaden zijn zelfstandig, dat wil zeggen, ze worden niet beïnvloed door iets buiten hen. Leibniz legt dit idee uit met behulp van een metafoor. Monaden zijn vensterloos, zegt hij: ze kijken niet naar buiten, noch kan iets anders naar binnen kijken. Met andere woorden, de idee van de zelfstandigheid van de substantie wordt door Leibniz tot het einde doorgedacht.
Hoewel de monaden vensterloos zijn en dus niet interacteren schijnen ze dat wel te doen. Als mijn ziel naar de bibliotheek gaat, gaat mijn lichaam niet ergens anders heen. Dat komt, zegt Leibniz, omdat God de wereld zo geschapen heeft dat er wederzijds beïnvloeding lijkt te bestaan. Er is eigenlijk sprake van een “harmonia prestabilia”, een vooraf opgezette samenklank tussen alle monaden.
Het is vanuit het idee van een harmonia prestabilia dat we Leibniz opvatting van het kwaad kunnen begrijpen. Waarom denkt Leibniz dat we in de beste van alle mogelijke werelden leven? Naast de wereld zoals zij is, zijn er vele andere werelden denkbaar, dat wil zeggen, mogelijk. Maar God heeft alleen deze wereld geschapen. Hij heeft haar geschapen zoals zij is omdat deze wereld zo is dat ze het meest volmaakte is wat God kan maken zonder de wereld te laten samenvallen met zichzelf. Deze wereld vertoont de harmonia prestabilia. De stelling over de beste van alle mogelijke werelden is een deel van Leibniz’ oplossing van het probleem van het kwaad, de zogenaamde theodicee “rechtvaardiging van God”. Er is kwaad in de wereld omdat de mens een vrije wil heeft en omdat de natuurwetten op een bepaalde manier werken. Als dat allemaal echter niet het geval was, zou de wereld er volgens Leibniz nog veel slechter aan toe zijn, want de mens zou niet vrij zijn en wetenschap onmogelijk.
Nu is het een interessante vraag waarom Leibniz eigenlijk de theodicee ontwikkelt heeft. Het probleem van het kwaad is immers een oud theologisch probleem. In zijn overzichtswerk Die Philosophie der Aufklärung geeft de beroemde Duitse filosoof Ernst Cassirer een interessant en overtuigend antwoord. In de voor-moderne tijd, bijvoorbeeld bij Augustinus verscheen het kwaad nog als de zonde. Waarom is de mens slecht? Omdat hij zondigt. De mens handelt echter zondig, omdat hij zondig ís. De zonde is bij Augustinus de erfzonde; sinds Adam en Eva zondigden in het paradijs erven alle mensen de zonde van Adam en Eva en kan alleen God die zonde genade schenken en hem zo opheffen. Het kwaad schuilt in de mens zelf. Juist de erfzonde als een onuitwisbaar kenmerk van de mens, waardoor hij volkomen van de genade van God afhankelijk is om niet te zondigen (maw geen kwaad te doen), is echter sinds de Renaissance meer en meer betwijfeld. In de zeventiende eeuw is het dan ook niet meer in de eerste plaats de mens die zich tegenover God moet verantwoorden voor het kwaad, het is juist andersom. De mens plaatst het kwaad niet primair in zichzelf, maar roept God ter verantwoording.
Dit alles wil niet zeggen dat de invloed van Augustinus helemaal verdwijnt. De menselijke natuur in de vorm van de vrije wil is ook bij Leibniz nog een belangrijke reden voor het kwaad, daarenboven reageert de oecumenisch gezinde Lutheraan Leibniz ook op de toegenomen invloed van Augustinus’ zondeleer op strengere denkers van de Reformatie. Toch is er veel veranderd. Met Leibniz’ theodicee slaat het denken over God een nieuwe weg in, die van de Verlichting die haar hoogtepunt zal vinden het werk van Immanuel Kant, niet toevallig de belangrijkste criticus van Leibniz.
Een andere criticus van Leibniz uit de Verlichting mag hier ook niet onvermeld blijven, namelijk Voltaire. In zijn roman Candide levert deze een vlijmscherpe satire op wat hij als Leibniz’ onuitstaanbare optimisme ziet. Het personage Dr. Pangloss (“leest overal overheen”) probeert de ene na de andere ramp goed te praten door te stellen dat we in de beste van alle mogelijke werelden leven en alles dus goed is. Candide is een klassieker, maar zoals de meeste satiren doet de roman volstrekt geen recht aan de gronden in het filosofische systeem van Leibniz waar zijn theodicee uit volgt.
